Za prvé, ačkoli oba typy čističek vody mohou čistit nečistoty z vody, jejich principy čištění nejsou stejné. RO čistička vody s reverzní osmózou je uvnitř vybavena RO reverzní osmózovou membránou. Působením tlaku může voda procházet membránou RO, zatímco nečistoty, jako jsou anorganické soli, ionty těžkých kovů, bakterie a viry, jsou blokovány membránou reverzní osmózy.

Ultrafiltrační čističky vody čistí zdroj vody prostřednictvím své vnitřní ultrafiltrační membrány. Pod tlakem tlakového rozdílu může vodní zdroj projít touto vrstvou membrány a odfiltrovat nečistoty.

Tyto dva typy čističek vody, které používají různé metody čištění, mají určité rozdíly v přesnosti čištění podle svých principů. RO čistička vody s reverzní osmózou má uvnitř RO membránu a póry této membrány jsou malé jako úroveň nanometrů. I drobné viry a bakterie jsou tisíckrát větší než póry membrány RO. Voda, která prochází membránou RO, tedy v podstatě obsahuje pouze vodu a žádné další prvky a přefiltrovanou vodu lze přímo pít nebo převařit.

Ultrafiltrační čistička vody má uvnitř ultrafiltrační membránu a rozsah přesnosti velikosti pórů této filtrační membrány je 0,01 ~ 0,001 μm, což je o jeden řád větší než u čističky vody RO s reverzní osmózou. Ultrafiltrační membrána zároveň propouští nejen vodu, ale umožňuje průchod i některým malomolekulárním látkám s menším objemem, jako jsou některé minerální prvky.